| 17.12.20162016-12-17 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 19. R | SC Paderborn - VFL Osnabrück | -:- |
| 10.12.20162016-12-10 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 18. R | Preußen Muenster - SC Paderborn | -:- |
| 3.12.20162016-12-3 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 17. R | FSV Zwickau - SC Paderborn | 3:0 (1:0) |
| 26.11.20162016-11-26 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 16. R | SC Paderborn - Fortuna Koeln | 1:1 (0:1) |
| 19.11.20162016-11-19 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 15. R | Sportfreunde Lotte - SC Paderborn | 6:0 (3:0) |
| 5.11.20162016-11-5 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 14. R | SC Paderborn - VFR Aalen | 0:0 (0:0) |
| 29.10.20162016-10-29 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 13. R | FSV Frankfurt - SC Paderborn | 3:0 (2:0) |
| 22.10.20162016-10-22 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 12. R | SC Paderborn - Hallescher FC | 0:0 (0:0) |
| 14.5.20162016-5-14 13:45:00 | 13:45 | 3. Liga | 38. R | Energie Cottbus - Mainz 05 II | 2:3 (0:0) |
| 7.5.20162016-5-7 13:30:00 | 13:30 | 3. Liga | 37. R | RW Erfurt - Energie Cottbus | 0:1 (0:1) |
| 30.4.20162016-4-30 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 36. R | Energie Cottbus - Wuerzburger Kickers | 1:2 (1:0) |
| 22.4.20162016-4-22 19:00:00 | 19:00 | 3. Liga | 35. R | VFB Stuttgart II - Energie Cottbus | 0:1 (0:1) |
| 16.4.20162016-4-16 14:10:00 | 14:10 | 3. Liga | 34. R | Energie Cottbus - Sonnenhof Großaspach | 0:5 (0:4) |
| 9.4.20162016-4-9 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 33. R | Preußen Muenster - Energie Cottbus | 3:0 (1:0) |