| 17.12.20162016-12-17 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 19. R | SC Paderborn - VFL Osnabrück | -:- |
| 10.12.20162016-12-10 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 18. R | Preußen Muenster - SC Paderborn | -:- |
| 3.12.20162016-12-3 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 17. R | FSV Zwickau - SC Paderborn | 3:0 (1:0) |
| 26.11.20162016-11-26 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 16. R | SC Paderborn - Fortuna Koeln | 1:1 (0:1) |
| 19.11.20162016-11-19 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 15. R | Sportfreunde Lotte - SC Paderborn | 6:0 (3:0) |
| 5.11.20162016-11-5 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 14. R | SC Paderborn - VFR Aalen | 0:0 (0:0) |
| 29.10.20162016-10-29 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 13. R | FSV Frankfurt - SC Paderborn | 3:0 (2:0) |
| 22.10.20162016-10-22 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 12. R | SC Paderborn - Hallescher FC | 0:0 (0:0) |
| 17.12.20162016-12-17 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 19. R | Jahn Regensburg - Preußen Muenster | -:- |
| 10.12.20162016-12-10 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 18. R | Chemnitzer FC - Jahn Regensburg | -:- |
| 2.12.20162016-12-2 18:35:00 | 18:35 | 3. Liga | 17. R | Jahn Regensburg - RW Erfurt | 0:1 (0:0) |
| 26.11.20162016-11-26 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 16. R | Holstein Kiel - Jahn Regensburg | 2:1 (0:0) |
| 19.11.20162016-11-19 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 15. R | Jahn Regensburg - SV Wehen | 3:1 (1:1) |
| 5.11.20162016-11-5 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 14. R | Werder Bremen II - Jahn Regensburg | 3:1 (0:0) |
| 29.10.20162016-10-29 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 13. R | Jahn Regensburg - Magdeburg | 1:1 (0:0) |
| 23.10.20162016-10-23 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 12. R | Mainz 05 II - Jahn Regensburg | 2:0 (1:0) |