| 17.12.20162016-12-17 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 19. R | Jahn Regensburg - Preußen Muenster | -:- |
| 10.12.20162016-12-10 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 18. R | Preußen Muenster - SC Paderborn | -:- |
| 2.12.20162016-12-2 19:00:00 | 19:00 | 3. Liga | 17. R | Preußen Muenster - Chemnitzer FC | 1:0 (0:0) |
| 27.11.20162016-11-27 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 16. R | FSV Zwickau - Preußen Muenster | 0:1 (0:1) |
| 18.11.20162016-11-18 19:05:00 | 19:05 | 3. Liga | 15. R | Preußen Muenster - RW Erfurt | 4:0 (3:0) |
| 5.11.20162016-11-5 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 14. R | Fortuna Koeln - Preußen Muenster | 0:1 (0:0) |
| 29.10.20162016-10-29 14:00:00 | 14:00 | 3. Liga | 13. R | Preußen Muenster - Holstein Kiel | 1:1 (0:1) |
| 22.10.20162016-10-22 14:05:00 | 14:05 | 3. Liga | 12. R | Sportfreunde Lotte - Preußen Muenster | 1:0 (0:0) |
| 19.8.20162016-8-19 20:45:00 | 20:45 | DFB Pokal | 1. R | Carl Zeiss Jena - Bayern München | 0:5 (0:3) |
| 28.10.20152015-10-28 20:30:00 | 20:30 | DFB Pokal | 2. R | Carl Zeiss Jena - VfB Stuttgart | 0:2 (0:1) |
| 9.8.20152015-8-9 14:30:00 | 14:30 | DFB Pokal | 1. R | Carl Zeiss Jena - Hamburger SV | 3:2 (1:0) |
| 17.8.20142014-8-17 14:30:00 | 14:30 | DFB Pokal | 1. R | Carl Zeiss Jena - Erzgebirge Aue | 0:1 (0:1) |
| 18.8.20122012-8-18 15:30:00 | 15:30 | DFB Pokal | 1. R | Carl Zeiss Jena - Bayer Leverkusen | 0:4 (0:2) |
| 5.5.20122012-5-5 13:30:00 | 13:30 | Dritte Liga | 38. R | Jahn Regensburg - Carl Zeiss Jena | 1:1 (1:0) |